• Uncategorized

어셈블리 다운로드

대체 또는 패치 어셈블리 단위가 포함 된 어셈블리에 대해 제공 됩니다. 탭으로 구분 된 텍스트 파일 게놈 지역의 위치와 그 지역 내에 배치 alt/패치 건설 기계를 보고. 일부 어셈블리에서는 genbank와 refseq 콘텐츠를 모두 사용할 수 있습니다. refseq 게놈는 제출 된 genbank 어셈블리의 복사본입니다. 어떤 경우에는 어셈블리가 완전히 refseq가 아닌 어셈블리에 핵 세포 기관이 되기 단위를 추가 하거나 매우 작은 conggs 또는 보고 된 오염 물질을 삭제 하도록 선택한 것과 동일 하지 않습니다. 동일한 refseq 및 genbank 어셈블리, 동일 여부 및 refseq에 genbank 시퀀스 ID 매핑, FTP 사이트에서 사용할 수 있는 어셈블리 보고서 파일 또는 어셈블리 리소스에서 다운로드를 찾을 수 있습니다. 또는 ncbi 참조 시퀀스 (refseq) 그룹이 참조 또는 대표적인 게놈로 선택 된 모든 어셈블리는 “참조” 또는 “대표” 라는 이름의 디렉터리를 통해 즉시 액세스할 수 있습니다. genbank “및” refseq “디렉터리 트리. 요청 시이 어셈블리를 다운로드 하는 다음 코드를 추가 합니다.

이 코드에서는 제네릭 Dictionary 클래스를 사용 하 여 어셈블리 집합을 그룹 이름에 매핑하는 방법을 보여 줍니다. 이 연습에서는 단일 어셈블리만 다운로드 하기 때문에 그룹에 어셈블리를 하나만 있습니다. 실제 응용 프로그램에서는 응용 프로그램의 단일 기능과 관련 된 모든 어셈블리를 동시에 다운로드할 수 있습니다. 매핑 테이블을 사용 하면 기능에 속하는 모든 dll을 다운로드 그룹 이름으로 연결 하 여 쉽게 수행할 수 있습니다. 게놈 집합에 주석이 달린 RNA 제품의 genbank 편평한 파일 형식; 관련 된 refseq 어셈블리에 대해 제공 됩니다. 관심의 게놈 어셈블리는 두 가지 방법 중 하나를 사용 하 여 찾을 수 있습니다. 모든 현재 어셈블리에 대 한 어셈블리 디렉터리와 많은 이전 어셈블리 버전에는 특정 어셈블리의 데이터 콘텐츠와 관련 된 추가 파일과 함께 핵심 파일 및 형식 집합이 포함 되어 있습니다. 게놈 FTP 사이트 재구성 이전 어셈블리 버전에 대 한 디렉터리는 어셈블리 보고서, 어셈블리 통계/어셈블리 상태 파일을 포함 합니다. 모든 데이터 파일은 패턴에 따라 이름이 지정 됩니다: [어셈블리 취득. 버전] _ [어셈블리 이름] _content.

형식 이러한 단계의 간단한 변형을 사용 하 여 다른 파일 형식 또는 게놈 어셈블리의 다른 집합에 대 한 데이터를 얻을 수 있습니다. “모든 파일 형식 (어셈블리 구조 디렉터리 포함)” “파일 형식” 메뉴에서 선택한 경우 “ncbi genomes-YYYY-MM-DD” 폴더에 대 한 FTP 디렉터리에서 모든 콘텐츠를 포함 하는 선택 된 게놈 어셈블리의 각 폴더를 포함 합니다. 어셈블리. 이 항목의 최신 버전은 연습: 요청 시 어셈블리를 ClickOnce 배포 API로 다운로드 하는 과정에서 확인할 수 있습니다. 업데이트 된 게놈 FTP는 종에 걸쳐 더 많은 균일성을 제공 합니다. 그것은 게놈 순서를 위한 파일의 일관 된 중 핵 세트 및 범위에 있는 모든 유기 체 그리고 집합의 주석 제품을 제안 한다. dotpeek는 어셈블리 목록에 있는 모든 어셈블리를 인덱싱하고, 참조 한 모든 어셈블리를 지정 하 고, 특정 코드로 빠르게 이동할 수 있는 기능을 제공 합니다. 예를 들어 모든 항목으로 이동 하 여 어셈블리, 네임 스페이스, 형식, 멤버 또는 최근에 연 파일을 검색할 수 있습니다. 게놈 다운로드 서비스는 작은 알맞게 크기의 데이터 세트에 가장 적합 합니다. 매우 많은 수의 게놈 어셈블리를 선택 하면 인터넷 연결 속도에 따라 매우 오랜 시간이 걸리는 다운로드가 발생할 수 있습니다. rsync를 사용 하 여 스크립팅은 매우 큰 데이터 세트를 다운로드 하는 데 사용할 권장 프로토콜입니다 (아래 참조). 의학, 농업 또는 과학적인 관련성을 가진 종을 위해 유효한 많은 다른 게놈 집합 있을 수 있다.

“genbank” 및 “refseq” 디렉터리 트리 아래에 있는 Genus_species 디렉터리에는 각각 릴리스 날짜, 제출자 조직 등의 모든 어셈블리 버전에 대 한 일반적인 정보를 제공 하는 assembly_summary 파일이 포함 되어 있습니다. 어셈블리 수준 및 상태입니다. 관심의 어셈블리는 종 특정 assembly_summary 파일의 데이터를 사용 하 여 식별 되었습니다 후 예를 들어 ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/refseq/archaea/Sulfolobus_islandicus/assembly_summary.txt 참조, 그들은 액세스할 수 있습니다 그 종족에 대 한 “all_assembly_versions” 디렉토리를 통해.